Cette UE vise à former de jeunes bioinformaticiens, capable de coder en python, utiliser des logiciels standards de bioinformatique en comprenant les paramètres utilisés et en ayant une lecture critique des résultats. À la fin de l'UE, ils doivent mettre en place un pipeline d'analyse de données de séquençage nouvelle génération. Les données sont volumineuses. Ils mobilisent leur compétences en programmation.
Un temps fort de l'UE est également le rendu d'une implémentation de l'algorithme de Needleman & Wunsch.
Dans cette UE, l'accent en mis sur l'analyse de séquences. À l'issue de cette UE, les étudiants maitrisent l'alignement de séquences.
Plus précisément, le cours est divisé en 5 parties:
1- CM introductif (6h)
2- TP programmation python (15h)
3- Implémentation de l'algorithme d'alignement de Needleman & Wunsch (3h)
4- Annotathon (12h)
5- Mise en place d'un pipeline d'analyse de données NGS (12h)
L'évaluation est faite sous forme de controle continu (1 note par partie TP) et un controle terminal (qui reprend l'ensemble du cours et des TPs et compte pour 50% de la note finale).
Un temps fort de l'UE est également le rendu d'une implémentation de l'algorithme de Needleman & Wunsch.
Dans cette UE, l'accent en mis sur l'analyse de séquences. À l'issue de cette UE, les étudiants maitrisent l'alignement de séquences.
Plus précisément, le cours est divisé en 5 parties:
1- CM introductif (6h)
2- TP programmation python (15h)
3- Implémentation de l'algorithme d'alignement de Needleman & Wunsch (3h)
4- Annotathon (12h)
5- Mise en place d'un pipeline d'analyse de données NGS (12h)
L'évaluation est faite sous forme de controle continu (1 note par partie TP) et un controle terminal (qui reprend l'ensemble du cours et des TPs et compte pour 50% de la note finale).
- Enseignant: CELINE BROCHIER ARMANET
- Enseignant: ANNABELLE HAUDRY
- Enseignant: VINCENT LACROIX
- Enseignant: SABINE PERES
- Enseignant: THIBAULT TAMIN